7 دسامبر 2020 توسط آزمایشگاه Cold Spring Harbour
دانشمندان آزمایشگاه Cold Spring Harbour (CSHL) اولین تجزیه و تحلیل توالی ژن تلفن همراه در جهان را ایجاد کردند ، یک برنامه جدید آیفون به نام iGenomics. با جفت شدن یک آیفون با یک ترتیب سنج دستی DNA ، کاربران می توانند یک آزمایشگاه ژنتیک سیار ایجاد کنند ، که یادآور “سه مرتبه” برجسته در فیلم Star Trek است. برنامه iGenomics کاملاً روی دستگاه iOS اجرا می شود و از این رو نیاز به لپ تاپ یا تجهیزات بزرگ در این زمینه را کاهش می دهد ، که برای کارکنان در وضعیت همه گیری و محیط زیست مفید است. آسپین پالاتنیک دانشیار کمکی برنامه iGenomics را در آزمایشگاه CSHL با مایکل شاتز ، در طی یک دوره هشت ساله ، از زمان کارآموزی دبیرستان ، برنامه ریزی کرد.
برنامه آیفون برای تکمیل دستگاه های کوچک توالی یابی DNA توسط Oxford Nanopore ساخته شده است. او که اکنون مهندس نرم افزار در فیس بوک است ، هنگام عضویت در آزمایشگاه Schatz ، از قبل در ساخت برنامه های آیفون تجربه داشت. او و شاتز دریافتند که:
“همچنان که ردیف کننده ها به کوچکتر شدن ادامه می دهند ، هیچ فناوری در دسترس نیست تا شما بتوانید آن DNA را روی دستگاه تلفن همراه مطالعه کنید. بیشتر مطالعات DNA ترازبندی ، تجزیه و تحلیل ، روی خوشه های سرور های بزرگ یا لپ تاپ های سطح بالا انجام می شود.”
شاتز تشخیص داد كه دانشمندان در حال مطالعه بیماری های همه گیر “در چمدان های پر از نانوپورها و لپ تاپ ها و سرورهای دیگر پرواز می كنند تا این تجزیه و تحلیل را در مکانهای از راه دور انجام دهند.” iGenomics با انجام مطالعات ژنوم قابل حمل ، قابل دسترس تر و مقرون به صرفه تر ، به شما کمک می کند.
کاربران می توانند با تعیین توالی داده های AirDrop به یکدیگر ، تجزیه و تحلیل DNA را در دورترین مکان ها – حتی در مواردی که دسترسی به اینترنت ندارند – امکان پذیر کنند. شاتز توصیف می کند: iGenomics به زودی حتی ممکن است به دست فضانوردان برسد.
“علاقه زیادی به انجام توالی DNA در فضا وجود دارد. من سعی می کنم ببینم راهی وجود دارد که بتوانیم iGenomics را در آن بالا ببریم. افراد زیادی علاقه مند به انجام این کار هستند. این یک وصیت واقعی است که چگونه می دانید ، انجام هر نوع تجزیه و تحلیل در رایانه های معمولی که آوردن آنها با خود غیرممکن است انجام شود. “
پلاتینیک ۱۵ ساله اصول تجزیه و تحلیل ژنوم را در آزمایشگاه مایکل شاتز در آزمایشگاه Cold Spring Harbour در سال 2013 فرا گرفت.
در مجله Gigascience ، Palatnick و Schatz گزارش دادند که الگوریتم iGenomics می تواند توالی DNA پاتوژن های ویروسی مانند ویروس آنفلوانزا یا ویروس Zika را به سرعت نقشه برداری کند و جهش های مهم برای تشخیص و درمان را شناسایی کند. آنها همچنین یک آموزش آنلاین برای تجزیه و تحلیل سایر ژنوم های ویروسی ، مانند بیمار SARS-CoV-2 ، ارائه می دهند.
Schatz آرزو دارد که این دستگاه به کارمندان میدانی و دانشمندان شهروند کمک کند:
“امروز ، همه ما دوربین های حرفه ای را در جیب خود حمل می کنیم ، بنابراین تصور اینکه طی چند سال آینده ، همه ما توالی DNA خود را بر روی تلفن های هوشمند خود حمل کنیم نیز چندان سخت نیست. فرصت های زیادی برای اندازه گیری وجود دارد. در محیط و به دنبال عوامل بیماری زا باشید ، حتی ممکن است اسکن خودتان را انجام دهید. “
