براساس لایحه قانونی شورای انقلاب (درخصوص هماهنگی، تمركز ادغام سازمان و بودجه مؤسسات تحقیقاتی و پژوهشی كشور) مركز ملی تحقیقات علمی در سال ۱۳۵۹ به تصویب این شورا رسید. همزمانی تصویب لایحه مذكور با شروع انقلاب فرهنگی و تعطیلی دانشگاه ها و مراكز آموزش عالی از یك طرف و بازتاب مشكلات ناشی از آن در سطح وزارت فرهنگ و آموزش عالی وقت از سوی دیگر مانع از فعالیت مركز ملی تحقیقات علمی گردید.
پس از بازگشایی دانشگاه ها و تجدید فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی، نیاز مبرم به انجام تحقیقات بنیادی و كاربردی در زمینه خودكفایی علمی و صنعتی با توجه به تبعات جنگ تحمیلی شدیداً احساس گردید لذا جهت تحقق بخشیدن به اهداف موردنظر بررسی و شناخت نیازهای تحقیقاتی و تعیین اولویت‌های تحقیقاتی كشور، ارائه خدمات علمی و تكنولوژیك و نیز برقراری همكاری علمی و ارتباطات بین‌المللی با مراكز تحقیقاتی و علمی داخلی و خارجی و نیز ایجاد هماهنگی در زمینه مسایل تحقیقاتی بین مراكز مختلف تحقیقاتی، آئین‌نامه اجرایی مركز تحقیقات علمی كشور با شرح وظایف آن به وسیله وزارت فرهنگ و آموزش عالی تهیه و در شورای پژوهش های علمی كشور در تاریخ ۱۳۶۳/۴/۲۰ به تصویب رسید و ابلاغ گردید.
بر اساس این مصوبه نام «مركز ملی تحقیقات علمی كشور» به «مركز تحقیقات علمی كشور» تبدیل گردید و در همان سال در یكی از تبصره‌های بودجه پیشنهادی دولت كه توسط مجلس شورای اسلامی تأیید شد. مقرر شد سازمان و تشكیلات داخلی مركز تحقیقات علمی كشور با توجه به شرح وظایف آن توسط رئیس مركز تهیه و پس از تأیید شورای پژوهش های علمی كشور به تصویب سازمان امور اداری و استخدامی كشور برسد كه البته این بند از آئین‌نامه تا سال ۱۳۷۰ به مرحله اجرا در نیامد.
در سال ۱۳۷۰ اساسنامه، چارت سازمانی و شرح وظایف «مركز تحقیقات علمی كشور» در قالب پژوهشكده به تصویب شورای گسترش وزارت فرهنگ و آموزش عالی رسید و پس از تأیید سازمان امور اداری و استخدامی كشور در همان سال مركز مذكور عملاً فعالیت خود را در قالب پنج گروه علمی شناخت و سنجش تحقیقات، برنامه‌ریزی و هماهنگی تحقیقات، مطالعات و تحقیقات بین‌الملل، سیاست علمی، پژوهش نشریات تحت سرپرستی معاونت پژوهشی وزارت فرهنگ و آموزش عالی وقت آغاز كرد.
در سال ۱۳۸۰ این مركز به «مركز تحقیقات سیاست علمی كشور» تغییر نام پیدا كرد. در سال ۱۳۸۳ نیز با توجه به تشكیل شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری (عتف)، اساسنامه مركز تحقیقات سیاست علمی كشور تغییر پیدا كرد و از معاونت پژوهشی وزارت مستقل شد و مأموریت ها و گروه های علمی آن در راستای نیازهای شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری تعریف گردید و مقرر شد مركز تحقیقات سیاست علمی كشور به‌عنوان كانون تفكر در زمینه سیاست‌پژوهی و سیاست‌سازی علم، پژوهش و فناوری در سطح ملی و به‌صورت فرابخشی در كنار شورای مذكور ایفای نقش كند.
هم‌اكنون این مركز با داشتن هفت گروه علمی با عنوان‌های: گروه علم و جامعه، گروه ترویج علم، گروه آینده‌اندیشی، گروه اقتصاد علم، گروه علم‌سنجی، گروه سیاست علم و گروه اخلاق علم و فناوری وظایف مهم شناسایی درخت علم و مطالعه در تعیین سهم مطلوب كشور از آن در آینده، تحقیق در بومی‌سازی روش های علمی سنجش علم و فناوری و تعیین وضع موجود با استفاده از آنها، مسأله‌شناسی نظام علمی كشور با تمركز بر حوزه پژوهش و فناوری با رویكرد فرابخشی و تصمیم‌سازی، خط مشی سازی و تهیه راهبرد و برنامه برای رسیدن از وضع موجود به وضع مطلوب، مطالعه و ارائه روش‌های مناسب ترویج علم در راستای سیاست‌ها و برنامه‌های توسعة علمی، انجام تحقیقات بنیادی، توسعه‌ای، كاربردی بر اساس اصل مأموریت‌گرایی و با تمركز خاص در زمینه‌های سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی، نظارت و ارزیابی را به عهده دارد.
اهداف
۱- توسعه و گسترش پژوهش در زمینهی سیاست‌گذاری علمی کشور؛
۲- زمینهسازی و ایجاد زیرساختهای مناسب برای ارتقاء فعالیت‌های پژوهشی در زمینهی سیاست‌گذاری علمی و دانشهای مرتبط؛
۳- تجاری‌سازی دستاوردهای پژوهشی
